PCR 引物3’端序列：
DNA聚合酶是在引物3’端添加单核苷酸，所以，引物3’端5～6个碱基与目标DNA的配对要求必须精que 和严格，这样才能保证PCR有效扩增。正、反向引物互相不能互补，尤其是在3’末端，否则容易形成引物二聚体。
引物3’末端的稳定性由引物3’末端的碱基组成决定，一般考虑末端5个碱基的ΔG。∆G值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3’端∆G值较低（绝dui 值不超过9），负值大，则3’末端稳定性高，扩增效率更高。引物的3’端的∆G值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。
如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增特异性与效率。应当避免在引物的3’端使用碱基A，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基。