对内源性RNA酶，目前常用的RNA酶抑制剂有：
1、RNA酶的蛋白质抑制剂(RNasin)，它是从人胎盘分离的一种蛋白质，可以与多种RNA酶紧密结合形成非共价结合的复合物，使RNA酶失活。RNA酶的蛋白质抑制剂制品经数次冻融后或放在氧化条件下应弃之不用。RNA酶的蛋白质抑制剂不干扰反转录或mRNA在无细胞体系中的翻译。
2、氧钒核糖核苷复合物，它是由氧钒离子和4种核糖核苷之中的任意一种所形成的复合物，是一种过渡态似物，它能与多种RNA酶结合并高效抑制RNA酶活性。然而氧钒核糖核苷复合物能强烈抑制mRNA在无细胞体系中的翻译，因此必须用含0.1%羟基喹啉的苯酚多次抽提以除之；
3、硅藻土，硅藻土能吸附RNA酶，并且在后续的RNA纯化过程中经离心除去；
4、异硫氰酸胍，它是强力的蛋白质变性剂，在破坏细胞结构使核酸从细胞核中解离出来的同时也使RNA酶变性失活；
5、焦碳酸二乙酯(DEPC)，它是RNA酶强烈抑制剂，但其作用并不是优良的。DEPC主要用于不能高压灭jun的材料和器皿的RNA酶处理；
6、其它化学试剂，如SDS、尿素等对RNA 酶也有一定的抑制作用。