1. 细胞样本
悬浮细胞：
4℃，1000-2000×g离心10 min收集细胞，按照106个细胞加入300-500 μL匀浆介质的比例加入匀浆介质，进行机械匀浆，充分破碎（无明显的细胞沉淀，可在显微镜下观察），4℃，10000×g离心10 min，取上清置于冰上待测，若不能当天检测，于-80℃保存，可保存一个月。
贴壁细胞：
吸弃培养液，用PBS（0.01 M，pH 7.4）将细胞洗一遍。用细胞刮刮下细胞（不能用胰酶和EDTA处理），加入2-5 mL PBS（0.01 M，pH 7.4），收集细胞悬液，后处理方法见悬液细胞处理方法。
2. 10%组织匀浆
取0.020-1.0 g新鲜组织块，用2-8℃的PBS（0.01 M，pH 7.4）漂洗，去除血液，滤纸吸干，称重，放入匀浆容器中，按照重量（g）：体积（mL）=1:9的比例加入2-8℃的匀浆介质，进行匀浆，4℃，10000×g离心10 min，取上清置于冰上待测，若不能当天检测，于-80℃保存，可保存一个月。
3. 线粒体样本
将10%组织匀浆，4℃，1500×g离心10 min，将上清液4℃，10000×g离心15 min，弃去上清，沉淀即为线粒体。加入匀浆介质溶解后待测。
4. 脂肪组织
取新鲜组织块（20 mg-1.0g），按照重量（g）：体积（mL）=1:9的比例加入2-8℃的匀浆介质，进行匀浆，4℃，1500×g离心10 min，用棉签吸取上层乳白色液体，吸取中层澄清液体待测。
5. 微生物样本
将菌液于4℃、1000-2000×g离心10 min收集xi菌，用PBS（0.01 M，pH 7.4）将菌沉淀洗2-3遍，然后按照原菌液体积的1/5-1/10加入裂解液（一般为50 mM Tris-HCl，pH 8.0，2mM EDTA，100 mM NaCl，加溶菌酶至100 ug/ml，0.1% Triton X-100，具体情况根据所测指标选择）重悬菌体，在冰水浴条件下，超声破碎（条件一般是300w，超声10s间隔10s，总时间10分钟，具体条件可根据自身情况而定）。
如何判断是否超声完全：
① 外观判断：超声前菌悬液是浑浊的，超声完全后变的透明、清澈。
② 液体的粘滞性：超声后菌液从枪头滴下不粘连。
③ 高速离心：有用高速离心检测超声破碎程度的（一般用6000×g离心10 min，比一般离心收集菌体的转速高一点）。沉淀是未破碎或破碎不完全的菌体。
一些需要注意的问题：
① 如果超声时出现黑色沉淀，说明超声功率太强。
② 超声时间太长、功率太高对蛋白活性肯定有影响。
③ 尽量防止泡沫的产生。